马祖列岛位于台湾海峡西北方向，包括马祖岛、北竿塘岛、高登岛等28座岛屿，总面积约23平方公里。马祖列岛的主岛为马祖岛，也被称为南竿塘岛，面积约10平方公里，第二大岛屿为北竿塘岛，面积约7.5平方公里。
马祖列岛因主岛上有一个马祖村而得名。妈祖是中国古代神话人物，起源于宋朝莆田地区，俗称“海神娘娘”，传说中掌管着海上航运。在我国福建和台湾一带，妈祖是传统的民间信仰，因此在这些地区出现了以妈祖命名的地名。
马祖村的村民习惯将南竿塘岛称为妈祖岛，后来由于认为妈祖岛的名字比较柔弱，去掉了女字旁，改为了马祖岛。久而久之，马祖岛成为了正式名称，马祖列岛也由此得名。
马祖列岛的地形以丘陵为主，沿海地区存在狭小的平原，属于海积平原，土壤比较贫瘠。马祖列岛的最高峰为壁山，海拔296.6米，位于北竿塘岛，第二高峰为园台山，海拔249.2米，位于马祖岛。
马祖列岛属于亚热带季风气候，光照充足，降水丰沛，年降水量达到了1100毫米，年平均气温10到27摄氏度，整体属于温暖地区。不过冬季时分，受到东北季风影响，冷气团南下，会影响马祖列岛，气温也比较低，到了春季，受东南季风影响，台湾海峡的暖湿气流影响马祖列岛，比较容易出现大雾天气。
马祖列岛的降水也呈现比较明显的季节分布，冬春降水少，梅雨季和台风季，马祖列岛的降水，大而频繁。
马祖岛属于花岗岩地貌，岛上基岩较厚，土层薄，难以形成湖泊、河道。虽然降水充足，气候湿润，但汇水条件恶劣，无法储存水资源，下雨的同时，雨水难以下渗，基本直接流入了大海。因此马祖列岛属于水资源匮乏的地区，种植业比较落后，当地经济主要依赖捕鱼业，粮食等生活物资主要依靠台湾岛供应。
马祖列岛的港湾优良，适合港口的建设，马祖列岛的主要港湾包括白沙澳、马祖澳、曲蹄澳、鹊石湾等等。
马祖澳位于马祖列岛西部，指的是马祖列岛和黄岐半岛附近的海域。黄岐半岛位于福建东部海岸，因半岛之上的黄岐镇而得名。
黄岐半岛长19公里，宽3到11公里，面积约135平方公里。和马祖列岛地形相似，黄岐半岛也属于山地丘陵地貌。黄岐半岛是大陆距离马祖列岛最近的地方，两地直线距离大约只有9公里。
马祖澳地区，风小浪弱，锚地良好，水深五到十四米，可停靠大型船舶，马祖列岛的很多渔港位于马祖澳一带。
马祖列岛战略位置重要，背靠大陆，面向台湾海峡，距离闽江口和连江口都很近。马祖列岛到台湾岛的直线距离为114海里，到澎湖列岛约180海里，到金门152海里，属于海运要冲。
明朝时期，戚继光曾经在马祖列岛驻防，防止倭寇入侵，郑成功收台前，曾在马祖列岛练兵。当时岛上并没有人定居，是渔民出海打渔的休憩之所，到了清朝时期，福建沿海渔民开始在马祖列岛定居，逐渐形成了村落。现在马祖列岛居民约一千，通行福州话。马祖列岛距离大陆只有九公里，风土民情承袭于大陆福建闽东地区。